Dette spillet er ikke som GB-spillene. Du kan du velge mellom 150 Pokémon,
men du skal bruke dem bare til å kjempe, i Pokémonligaen. Du kan kjempe i forskjellige cup'er der du må slå åtte
trenere, og vinner du, kommer dine Pokémon i "victory hall", og du får en pokal og kan prøve deg på en vanskeligere
grad av cupen.
Det finnes fire forskjellige cup'er: Pika cup, Petit cup, Poké cup og Prime cup, alle med sine grenser og
vanskelighetsgrader.
Det er også andre ting enn Stadiumet du kan kjempe i. Det er et Gymlederslott der du kan kjempe deg gjennom
alle gymmene og fram til elite four og rivalen din, og greier du ham, får du en bonusPokémon du kan bytte til ditt
Gameboy-spill! Du får tilfeldig en av disse: Bulbasaur, Charmander, Squirtle, Hitmonchan, Hitmonlee, Kabuto, Omanyte
og Eevee.
Du kan også spille mot venner i Free battle, eller du kan velge "battle now" på menyen før du går inn til stadium,
men da velger du ikke dine Pokémon.
I GBtower kan du spille GB-spillene Rød, Blå eller Gul. Hvis du greier hele Prime eller Poké cup, blir tårnet oppgradert
til Doduo tower. Greier du begge, blir det til Dodrio tower.
NB-Du kan IKKE spille Gull eller Sølv her!
I Lab'en hjelper Prof. Oak deg. Her er det flere datamaskiner; En bytter Pkmn, en sjekker Pokédexen din og en kan du flytte
Pkmn og ting med.
Du kan velge mew når du har greid første runde, kalt R1. Men for å få Mewtwo må du flytte den du har fanget i GB-spillet ditt.